Il territorio di Modugno ha avuto un’antichissima e costante frequentazione umana. Negli ultimi anni il ritrovamento archeologico di un villaggio neolitico nei pressi del Casale di Balsignano, documenta la presenza dell’uomo sin dal quinto millennio a.C., mentre i resti della necropoli peuceta, scoperta agli inizi del ‘900 e poi divorata dal cemento, riconducono al VII sec. a.C., e le tracce della via Appia e della Minucio-Traiana al periodo romano. L’originario nucleo del paese è rintracciabile ancora oggi in quella zona del centro storico dove sorge la "Motta", altura lungo la via Minucio-Traiana tra Bari e Bitonto (attuale Corso Vittorio Emanuele), dove sarebbe sorto nel VII sec. il "Pagus Metugenus", al riparo di una torre longobarda o bizantina, quindi una sorta di fortezza o presidio militare per difendersi dalle incursioni saracene.Probabilmente distrutto nel IX sec. proprio a causa di una di queste, "Medunium" ricompare nei documenti dell’XI sec. come "locus in pertinentia Bari" o casale o castrum (luogo fortificato).