Il territorio in cui sorge Melendugno serba testimonianze dell’età del bronzo quali i dolmen detti “Placa” e “Gurgulante”, provvisti di un lastrone di copertura di quasi sette metri di perimetro. Il centro vero e proprio sembra aver avuto origine verso il IX secolo, in epoca posteriore alle guerre tra Saraceni e Greci, ed all’avvento dei Normanni. La famiglia d’Amelj l’ebbe in feudo fino alla soppressione della feudalità nel 1806. Nella frazione di Roca sono tuttora visibili i resti della cinta muraria messapica, del IV secolo a.C., per un’estensione di circa 1.200 metri; nel vicino centro costiero di San Foca è possibile ammirare la suggestiva “Grotta dell’Amore”; presso il litorale di Torre dell’Orso esistono numerose grotte anacoretiche e graffiti d’epoca bizantina. Nei pressi dell’antica chiesetta, ormai pressoché demolita, del protettore San Nicola, adorna di affreschi cinquecenteschi, vi è una laura basiliana.