Sembra maggiormente accreditata l'ipotesi che vuole Martignano avere origini bizantine rispetto a quelle romane. E' sorta all'incrocio di antiche ed importanti strade che da Lecce portavano ad Otranto e da Roca Vecchia a Nardò, in una zona priva di acque sotterranee che ha costretto la popolazione a ricorrere all'accumulo delle acque meteoriche nelle tipiche "pozzelle". Le prime notizie storiche risalgono al XIII secolo quando gli Angioini concessero il feudo al milite Simone de Bellovidere; ultimi feudatari furono i marchesi Granafei allorquando le leggi napoleoniche posero fine al regime feudale.