Situata su una piccola penisola, sulla sponda meridionale dell'omonimo lago, presenta a poca distanza la cosiddetta "isola", una vasta lingua di natura pressoché incontaminata, caratterizzata da boschi e dune, che divide il lago dal mare. Tutta la parte orientale del lago è stata sottoposta a regime di "Riserva Naturale di Ripopolamento Animale" divenendo di fatto un'oasi di protezione faunistica. Le origini del centro lagunare risalirebbero al sec. VI, quando vi sarebbe approdato un gruppo di pescatori proveniente dalla Dalmazia, sul fronte opposto del mare Adriatico. Nel suo territorio sono state rinvenute testimonianze di epoca romana, mentre dal 1254 fino al '500 è stata un importante centro di predicazione religiosa perché sede vescovile. Da vedere l'ex Palazzo Vescovile, mentre a una decina di chilometri dal paese sorge l'Abbazia di S. Maria di Ripalta nei pressi del fiume Fortore. In prossimità di uno dei canali che sbocca al mare - in località Marina di Lesina - sono invece visibili le cosiddette "Pietre nere", rocce vulcaniche risalenti al periodo del Triassico. L'area situata più a nord del paese, Marina di Lesina, da anni si è ampliata, tanto da essere ripetutamente premiata tra le località balneari italiane per purezza dell'acqua.